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生物信息学之生物软件应用
主讲教师 张际峰/淮南师范学院
学习人数 151
开课周期 2021年05月13日 ~ 2021年09月30日
教学进度
预报名
进行中
已结课
课程期次 共 21 周
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生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的一门新兴的交叉科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学、转录组学和蛋白质组学等多个方面,主要的课程内容包括:序列比对、基因识别、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测,以及建立进化模型。课程中以理论为基础,重点讲述各领域的相关研究进展与软件应用等。

生物软件应用是《生物信息学》课程内容的核心和教学主线。本课程将从组学分类角度,逐一介绍目前生物领域中用途最为广泛的10多个生物软件,包括序列分析软件、引物设计软件、系统树构建软件、网络分析软件等。介绍它们的开发背景、操作技巧和应用前景等。这些内容将对学生们学习生物信息学乃至生命科学大有裨益。


课程概述

生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的一门新兴的交叉科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学、转录组学和蛋白质组学等多个方面,主要的课程内容包括:序列比对、基因识别、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测,以及建立进化模型。课程中以理论为基础,重点讲述各领域的相关研究进展与软件应用等。

生物软件应用是《生物信息学》课程内容的核心和教学主线。本课程将从组学分类角度,逐一介绍目前生物领域中用途最为广泛的10多个生物软件,包括序列分析软件、引物设计软件、系统树构建软件、网络分析软件等。介绍它们的开发背景、操作技巧和应用前景等。这些内容将对学生们学习生物信息学乃至生命科学大有裨益。

课程大纲
  • 第一篇 软件介绍
    • 第一讲 EditSeq软件介绍
    • 第二讲 RNA-structure
    • 第三讲 tRNA-scan
    • 第四讲 clustal X
    • 第五讲 MEGA(上)
    • 第六讲 MEGA(下)
    • 第七讲 figtree
    • 第八讲 sequin
    • 第九讲 Oligo
    • 第十讲 PyMOL
    • 第十一讲 Cytoscape
  • 第二篇 重要网站数据库介绍
    • 第一讲 NCBI网站介绍1
    • 第二讲 多个网站介绍-Genecards-2
    • 第三讲 多个网站介绍-KEGG-1
    • 第四讲 多个网站介绍-qMGR
    • 第五讲 多个网站介绍-String
  • 第三篇 编程语言R学习与应用
    • 第一讲 语言下载与安装
    • 第二讲 简单的统计分析
    • 第三讲 R绘图-wordcloud
    • 第四讲 R绘图-vioplot
    • 第五讲 R绘图-Venn
    • 第六讲 R绘图-R编程绘图
  • 考试题1
  • 考试题2
授课目标
预备知识
配套教材
参考教材
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授课教师
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